Уникальные исторические экспонаты можно увидеть здесь в современном пространстве, дополненном мультимедийными технологиями. Собственное фондовое собрание музея насчитывает 190 000 единиц хранения и включает археологические, исторические, этнографические, а также художественные коллекции. Наряду с постоянными экспозициями, в музее регулярно проходят временные выставочные проекты. Среди представленных здесь в последние годы мастеров — Айвазовский, Шишкин, Левитан, Пикассо, Кустодиев, Дюрер, Фальк, Фаберже, Шагал и многие другие.
В 2014 году музей, находившийся в стенах Ново-Иерусалимского монастыря, переехал в новое, трехэтажное здание, расположенное на участке площадью 4,28 га и построенное на противоположном берегу Истры. Это создало большие возможности для масштабной выставочной деятельности. Музей был переименован в Музейно-выставочный комплекс Московской области «Новый Иерусалим», а в январе 2021 года он получил другое название — Государственный историко-художественный музей «Новый Иерусалим».
С декабря 2017 года в музее открыта постоянная экспозиция «Новый Иерусалим—памятник истории и культуры XVII–XX веков» , которая развернулась на площади 1500 кв. м. и рассказывает о том, как задумывался и складывался образ Святых мест в Подмосковье, о роли Воскресенского Ново-Иерусалимского монастыря как памятника русского зодчества, русской истории и культуры, о личности патриарха Никона.